嘉靖四十年（1561 年）正月间，倭寇抢劫晋江屿头、沙塘、陈坑、石菌等处，分巡佥事万民英募兵出击，与寇大战于石菌，官军大败，死者500 多人。倭寇复焚掠青阳等处。夏，永春蓬壶吕尚四率众万余人起义。闰五月十六日凌晨攻击永春县城，活捉知县林万春，乘胜攻安溪、南安、仙游、德化各县。后被德化知县张大纲用计击溃，吕尚四被害。其部属吕尚二等坚持斗争，至隆庆元年（1567 年）失败。八月二十五日深夜，奸贼马三岱、谢爱夫（晋江人）、江一峰（晋江人）等勾引倭寇首领冯哥四老等三四百人，自南安下呷村偷袭安溪县治，劫俘男女400 余人。九月初，广东饶平农民武装攻占安溪县城。初五日，马三岱欲劫掠饶平农民武装资财，引倭寇与农民武装大战于县治十字街，马打败后逃走，倭寇被杀死10 余人。是年，永春增筑县城，周长 518.2 丈，高 1.9 丈。是年，倭患不断，田园遍为草莽，粮荒米贵，民众逃生入郡城，无食待毙。加以瘟疫盛行，死者枕藉。晋江知县邓洪震措置收埋，分巡佥事万民英于开元寺施粥。是时，晋江人张宪冕分巡岭东，谕潮州等处商人从海道运谷来泉，平粜以济，前后谷船至者千余艘，泉府七邑之人多赖以存活。